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はじめに

BootStrap2から3がリリースされ、いまやRailsなどもBootStrap3が標準で組み込まれています。
2,3年前のシステムではBootStrap2が一般的だったため、その頃のレイアウトをそのまま組み込もうとすると表示がうまくいきません。
※BootStrap2で使えていたクラス名が非推奨になったわけではなく使えなくなりました
ほぼクラス名が変更になっただけなので、一つずつ変更していけばうまく表示されます。
たとえばGrid表示では「hero-unit」→「jumbotron」に変更、「row-fluid」→「row」に変更「span[X]」→「col[X]」に変更などです。

サイトのhtmlを一発でBootStrap2からBootStrap3へマイグレーションしてくれるようなサービスもあるのかもしれません。

BootStrap2からBootStra3へ移行手順

BootStrapの公式サイトにマイグレーションのためのクラスの変更前から変更後が載っているのでこちらを参考に変更するとよいです。

http://getbootstrap.com/migration/

クラス名のN/Aについて

公式サイトのクラス名でBootStrap2で使えていたものが3になりN/A記載でマイグレーションできないクラス名がいくつかありました。
こちらは別途同等のCSSを独自で書くしかなさそうです。